游戏接续《红色警戒2》的剧情,讲述了尤里在逃脱盟国抓捕后,启动了大战期间悄悄搭建在全球各地的心灵控制器,企图控制全人类的心灵。不论是盟军还是苏联,此时反抗已经为时已晚,唯一的办法就是利用时间机器回到大战初期改写历史。 战役依然分为盟军篇和苏联篇。如果玩家扮演盟军指挥官,最终能在南极活捉尤里,并将他终身囚禁在心灵隔离室中;如果玩家扮演苏联指挥官,苏军将抢夺时间机器回到过去,挫败尤里的阴谋,逆转了苏联战败的命运,最终征服地球,开始向外太空发展。
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